| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-71页 |
| 1. 水稻纹枯病研究进展 | 第19-31页 |
| ·水稻纹枯病的发生及其危害 | 第19-20页 |
| ·水稻纹枯病病原菌 | 第20-22页 |
| ·立枯丝核菌寄主及分类 | 第22页 |
| ·水稻纹枯菌的传播途径及浸染循环 | 第22-23页 |
| ·水稻纹枯病菌对水稻的危害症状 | 第23-24页 |
| ·水稻纹枯病菌的致病机理 | 第24-26页 |
| ·水稻纹枯病菌致病相关基因 | 第26-27页 |
| ·水稻纹枯病的防治 | 第27-31页 |
| ·抗纹枯病水稻品种的选育 | 第28-29页 |
| ·化学农药防治 | 第29页 |
| ·水稻纹枯病的生物防治 | 第29-30页 |
| ·水稻纹枯菌的农业防治 | 第30-31页 |
| ·水稻纹枯菌的其他防治方法 | 第31页 |
| 2. 丝状真菌转化系统的研究进展 | 第31-41页 |
| ·丝状真菌原生质体的制备 | 第32-34页 |
| ·丝状真菌的转化方法 | 第34-38页 |
| ·CaCl_2/PEG介导的原生质体遗传转化 | 第34-35页 |
| ·电击转化法对原生质体遗传转化 | 第35页 |
| ·限制性内切酶介导对原生质体遗传转化 | 第35-36页 |
| ·根癌农杆菌介导对原生质体遗传转化(ATMT) | 第36-37页 |
| ·基因枪转化法对原生质体遗传转化 | 第37页 |
| ·醋酸锂转化法对原生质体遗传转化 | 第37-38页 |
| ·丝状真菌遗传转化系统中的启动子与选择标记 | 第38-41页 |
| ·启动子 | 第38-39页 |
| ·用于丝状真菌遗传转化系统的选择标记 | 第39-41页 |
| 3. 反向遗传学方法及其在丝状真菌中的应用 | 第41-45页 |
| ·基因沉默技术(Gene Silence) | 第41-43页 |
| ·基因敲除技术(Gene Knockout) | 第43页 |
| ·插入突变技术(Insertional Mutagenesis) | 第43-44页 |
| ·定向诱导基因组局部突变技术(TILLING) | 第44-45页 |
| 4. 水稻纹枯菌蛋白互作网络(PPI)的构建 | 第45-50页 |
| ·大规模蛋白质相互作用的研究背景 | 第45-47页 |
| ·大规模蛋白质相互作用的研究意义 | 第47-49页 |
| ·大规模蛋白质相互作用的研究现状 | 第49-50页 |
| 5. 研究大规模蛋白质相互作用的方法 | 第50-58页 |
| ·研究大规模蛋白质相互作用的生物信息学方法 | 第51-55页 |
| ·基于基因组信息预测大规模蛋白质相互作用 | 第51-52页 |
| ·基于进化信息的方法预测大规模蛋白质相互作用 | 第52-53页 |
| ·基于序列信息的方法预测大规模蛋白质相互作用 | 第53页 |
| ·基于结构域相互作用的方法预测PPI | 第53-54页 |
| ·基于蛋白质结构的方法预测PPI | 第54-55页 |
| ·研究PPI的实验鉴定方法 | 第55-58页 |
| ·酵母双杂交技术 | 第55页 |
| ·免疫共沉淀方法 | 第55-56页 |
| ·串联亲和纯化技术 | 第56-57页 |
| ·噬菌体展示技术 | 第57页 |
| ·蛋白质芯片 | 第57-58页 |
| 6. 研究大规模蛋白质相互作用的评估方法 | 第58-63页 |
| ·基因本体论(gene ontology,GO)功能概念相似性 | 第59-60页 |
| ·基因共表达 | 第60-61页 |
| ·拓扑学标准 | 第61-62页 |
| ·同源基因 | 第62-63页 |
| 7. 大规模蛋白互作网络的网络聚类分析 | 第63-69页 |
| ·蛋白互作网络中的丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)子网络 | 第63-66页 |
| ·蛋白互作网络中的致病基因子网络 | 第66-68页 |
| ·蛋白互作网络中的分泌基因子网络 | 第68-69页 |
| 8. 本研究的主要内容及其创新 | 第69-71页 |
| ·本研究的主要内容 | 第69-70页 |
| ·本研究的创新之处 | 第70-71页 |
| 第二章 水稻纹枯病蛋白质互作网络的构建 | 第71-110页 |
| 1. 材料和方法 | 第71-82页 |
| ·实验数据 | 第71-73页 |
| ·实验方法 | 第73-76页 |
| ·同源映射的方法构建纹枯病的蛋白互作网络图 | 第73-74页 |
| ·结构域相互作用的方法构建纹枯病的蛋白互作网络图 | 第74-75页 |
| ·纹枯病的高可信度蛋白互作网络图 | 第75-76页 |
| ·水稻纹枯病蛋白互作网络的评估 | 第76-80页 |
| ·GO注释相似性的方法验证纹枯菌的网络质量 | 第76-77页 |
| ·基因共表达的方法验证纹枯菌的网络质量 | 第77页 |
| ·酵母双杂交实验技术验证纹枯菌的网络质量 | 第77-80页 |
| ·纹枯病菌重要的蛋白质互作网络模块 | 第80-82页 |
| ·纹枯病致病蛋白互作网络 | 第80-81页 |
| ·纹枯病分泌蛋白互作网络 | 第81页 |
| ·纹枯病MAPK蛋白互作网络 | 第81-82页 |
| 2. 结果与分析 | 第82-107页 |
| ·水稻纹枯菌蛋白互作网络的构建 | 第82-87页 |
| ·水稻纹枯菌蛋白质网络互作图质量的可信度评估 | 第87-96页 |
| ·GO相似性对水稻纹枯菌网络质量进行评估 | 第87-89页 |
| ·基因共表达对水稻纹枯菌网络质量进行评估 | 第89-90页 |
| ·酵母双杂交实验对预测的水稻纹枯菌互作网络进行评估 | 第90-96页 |
| ·纹枯病菌重要的蛋白质互作网络模块 | 第96-107页 |
| ·纹枯病菌致病基因子网络 | 第96-98页 |
| ·纹枯病菌分泌蛋白子网络 | 第98-100页 |
| ·纹枯病菌致病蛋白的转录组分析 | 第100-104页 |
| ·水稻纹枯病菌的MAPK子网络 | 第104-107页 |
| 4 讨论 | 第107-110页 |
| 第三章 水稻纹枯病重要致病基因的功能验证 | 第110-151页 |
| 1. 材料与方法 | 第110-130页 |
| ·实验材料 | 第110-113页 |
| ·实验菌株及其载体 | 第110-111页 |
| ·实验酶与生化试剂 | 第111-112页 |
| ·实验使用仪器 | 第112页 |
| ·实验所使用的培养基与抗生素 | 第112-113页 |
| ·实验方法 | 第113-117页 |
| ·水稻纹枯病菌的活化、培养 | 第113页 |
| ·水稻纹枯菌接种离体叶片组织的致病性观察 | 第113-114页 |
| ·水稻纹枯菌原生质体的提取(需要在无菌环境操作) | 第114页 |
| ·水稻纹枯菌原生质体的再生 | 第114-115页 |
| ·CaCl_2-PEG介导水稻纹枯菌原生质体的遗传转化 | 第115页 |
| ·水稻纹枯菌总RNA的提取(Trizol法) | 第115-116页 |
| ·反转录cDNA第一链的合成 | 第116-117页 |
| ·水稻纹枯病菌基因敲除载体的构建 | 第117-121页 |
| ·STE12基因同源片段的扩增 | 第117页 |
| ·STE12基因同源片段的PCR扩增产物的凝胶回收 | 第117-118页 |
| ·STE12基因同源片段的PCR扩增产物的克隆与测序 | 第118-119页 |
| ·STE12基因重组载体的构建 | 第119-120页 |
| ·STE12基因敲除的遗传转化 | 第120-121页 |
| ·STE12基因敲除转化子的表型鉴定 | 第121-122页 |
| ·STE12基因敲除转化子的形态观察 | 第121页 |
| ·STE12基因敲除转化子的致病性检测 | 第121-122页 |
| ·STE12基因敲除转化子的分子生物学验证 | 第122-130页 |
| ·STE12基因敲除转化子与野生型AG1 IA的DNA提取 | 第122-123页 |
| ·STE12基因敲除转化子的PCR验证 | 第123-124页 |
| ·STE12基因敲除转化子的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)PCR验证 | 第124页 |
| ·STE12基因敲除转化子的Southern杂交分子验证 | 第124-130页 |
| 2. 结果与分析 | 第130-147页 |
| ·STE12基因同源片段的克隆 | 第130页 |
| ·STE12基因敲除载体的构建 | 第130-132页 |
| ·STE12基因敲除转化子的PCR验证 | 第132-133页 |
| ·STE12基因敲除转化子中STE12基因的表达量分析 | 第133-135页 |
| ·STE12基因的表达量的半定量RT-PCR分析 | 第133-135页 |
| ·STE12基因的表达量的荧光定量PCR(qRT-PCR)分分析 | 第135页 |
| ·STE12基因敲出转化子与野生型AG1 IA的Southern杂交验证 | 第135-138页 |
| ·STE12基因敲出转化子的表型分析 | 第138-141页 |
| ·STE12基因敲出转化子的生长速度测定 | 第138-139页 |
| ·STE12基因敲除转化子的菌丝和菌核形成的观察 | 第139-141页 |
| ·STE12基因敲除转化子与野生型AG1 IA融合性的观察 | 第141页 |
| ·STE12基因敲除转化子的致病性观察 | 第141-145页 |
| ·STE12基因敲除转化子对水稻叶片的致病力观察 | 第141-142页 |
| ·STE12基因敲除转化子侵染水稻叶片组织病理学分析 | 第142-143页 |
| ·STE12基因敲除转化子侵染水稻叶片的电子显微观察 | 第143-145页 |
| ·STE12基因的生物信息学相关预测 | 第145-147页 |
| 4 结论与讨论 | 第147-150页 |
| 5 后续实验展望 | 第150-151页 |
| 参考文献 | 第151-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第178页 |
| 在读期间提交会议论文摘要情况 | 第178页 |
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