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鼠隐孢子虫感染后小鼠肠道菌群变化及代谢组学研究

论文目录

致谢	第5-10页
摘要	第10-12页
第一部分文献综述	第12-24页
1 隐孢子虫和鼠隐孢子虫	第12-15页
1.1 隐孢子虫	第12-14页
1.1.1 种属	第12页
1.1.2 形态大小和寄生部位	第12页
1.1.3 生活史	第12-14页
1.1.4 隐孢子虫的致病性	第14页
1.2 鼠隐孢子虫简介	第14-15页
1.2.1 鼠隐孢子虫	第14页
1.2.2 鼠隐孢子虫流行病学	第14-15页
1.2.3 鼠孢隐孢子虫分子鉴定	第15页
1.2.4 鼠隐孢子虫的生物学分析	第15页
2 小鼠肠道菌群研究进展	第15-19页
2.1 小鼠肠道菌群的影响因素	第16-17页
2.1.1 饮食方面	第16页
2.1.2 药物方面	第16页
2.1.3 微生物及其分泌因子方面	第16-17页
2.1.4 疾病方面	第17页
2.1.5 寄生虫方面	第17页
2.2 肠道菌群研究方法	第17-18页
2.2.1. 传统的纯培养法	第17页
2.2.2 ERIC-PCR分子杂交技术	第17-18页
2.2.3. 基于16S rDNA的分子测序技术	第18页
2.2.4. 荧光原位杂交技术	第18页
2.2.5. 宏基因组学研究方法	第18页
2.3 16S rRNA测序技术在肠道菌群研究中的应用	第18-19页
2.4 肠道菌群对机体的益处	第19页
2.4.1 益生菌对机体免疫的作用	第19页
2.4.2 肠道菌群对机体健康的作用	第19页
3 代谢组学研究进展	第19-21页
3.1 代谢组学的主要分析方法	第20页
3.1.1 核磁共振	第20页
3.1.2 液相色谱-质谱联用	第20页
3.1.3 气相色谱-质谱联用	第20页
3.2 代谢组学试验的主要分析策略	第20-21页
3.2.1 非靶向代谢组学	第20-21页
3.2.2 靶向代谢组学	第21页
3.3 小鼠代谢组学研究现状	第21页
3.3.1 发病机制方面	第21页
3.3.2 药物治疗方面	第21页
4 展望	第21-24页
第二部分鼠隐孢子虫感染小鼠的部分生物学特征研究	第24-32页
1 引言	第24页
2 材料与方法	第24-26页
2.1 卵囊来源	第24页
2.2 试验仪器和试剂	第24-25页
2.2.1 仪器	第24页
2.2.2 主要试剂和耗材	第24-25页
2.3 方法	第25-26页
2.3.1 纯化鼠隐孢子虫卵囊并感染小鼠	第25页
2.3.2 OPG(Oocyst pergram)计数	第25-26页
2.3.3 制作组织病理切片	第26页
2.3.4 制作组织扫描电镜切片	第26页
3 结果与分析	第26-30页
3.1 鼠隐孢子纯化结果	第26-27页
3.2 鼠隐孢子感染小鼠后OPG变化	第27-28页
3.3 病理切片观察	第28-29页
3.4 组织样品的扫描电镜观察	第29-30页
4 结论与讨论	第30-32页
第三部分鼠隐孢子虫感染小鼠的肠道菌群变化研究	第32-50页
1 引言	第32页
2 材料与方法	第32-34页
2.1 卵囊来源	第32页
2.2 试验仪器和试剂	第32页
2.2.1 仪器	第32页
2.2.2 主要试剂耗材	第32页
2.3 方法	第32-34页
2.3.1 鼠隐孢子虫感染小鼠和粪便样品收集	第32-33页
2.3.2 粪便DNA提取	第33页
2.3.3 生物信息分析	第33-34页
2.3.4 生物信息学分析软件	第34页
3 结果与分析	第34-46页
3.1 OTU累计曲线	第34-35页
3.2 OTU Venn图	第35-36页
3.3 OTU PLS-DA分析	第36-37页
3.4 物种组成分析	第37-40页
3.4.1 门水平物种相对丰度分析	第37-38页
3.4.2 科水平物种相对丰度分析	第38-39页
3.4.3 属水平物种相对丰度分析	第39-40页
3.5 物种PCA分析	第40页
3.6 多样性分析	第40-45页
3.7 样品间物种组成聚类分析	第45-46页
4 结论与讨论	第46-50页
第四部分鼠隐孢子虫感染小鼠的代谢组学研究	第50-78页
1 引言	第50页
2 材料与方法	第50-52页
2.1 卵囊来源	第50页
2.2 试验仪器和试剂	第50-51页
2.2.1 仪器	第50页
2.2.2 主要试剂耗材	第50-51页
2.3 方法	第51-52页
2.3.1 鼠隐孢子虫感染小鼠和粪便样品收集	第51页
2.3.2 样品处理和代谢物提取	第51页
2.3.3 样品检测和数据处理	第51-52页
3 结果与分析	第52-73页
3.1 数据质控	第52-55页
3.1.1 QC样本的色谱图重叠	第52-53页
3.1.2 所有样本的主成分分析(PCA)	第53-54页
3.1.3 化合物数量和峰面积差异	第54-55页
3.2 化合物检测结果和注释	第55-59页
3.2.1 化合物的检测和鉴定情况	第56页
3.2.2 代谢物的分类和功能注释	第56-59页
3.3 统计分析及差异代谢物的筛选	第59-62页
3.3.1 主成分分析(PCA)	第59-61页
3.3.2 差异代谢物的筛选结果	第61页
3.3.3 代谢差异物分析	第61-62页
3.4 差异代谢物分析	第62-73页
3.4.1 差异代谢物的聚类分析	第62-67页
3.4.2 差异代谢物的代谢通路富集分析	第67-73页
4 结论与讨论	第73-78页
第五部分结论和创新点	第78-80页
结论	第78-79页
创新点	第79-80页
参考文献	第80-88页
ABSTRACT	第88-90页

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