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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--利用全基因组关联分析(GWAS)鉴别猪腹股沟/阴囊疝易感基因
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利用全基因组关联分析(GWAS)鉴别猪腹股沟/阴囊疝易感基因
 
     论文目录
 
目录第1-7页
摘要第7-9页
Abstract第9-11页
第一章 文献综述第11-36页
 1 猪腹股沟/阴囊疝研究进展第11-23页
   ·引言第11页
   ·猪腹股沟/阴囊疝的发病率和遗传力第11-12页
     ·发病率第11-12页
     ·遗传力第12页
   ·腹股沟/阴囊疝分子病理研究第12-19页
     ·睾丸下降异常第12-14页
     ·鞘状突闭合失败第14-18页
     ·胶原代谢紊乱第18-19页
   ·腹股沟/阴囊疝的分子遗传研究第19-23页
     ·猪腹股沟/阴囊疝易感位点定位(QTL)第19-21页
     ·猪腹股沟/阴囊疝的精细定位与候选基因研究第21-23页
 2 GWAS在家畜遗传学中的研究进展第23-32页
   ·全基因组关联研究(GWAS)的概念第23页
   ·猪基因组序列及60K芯片研究进展第23-25页
     ·猪基因组计划研究进展第23-24页
     ·猪全基因60K SNP芯片的开发过程第24-25页
   ·全基因组关联研究(GWAS)的分析原理第25页
   ·GWAS的分析方法第25-27页
     ·分析背景第25-26页
     ·确定统计模型第26-27页
     ·效应估算第27页
   ·全基因组关联研究(GWAS)的应用第27-32页
     ·GWAS在家畜质量性状定位中的应用进展第28-29页
     ·GWAS在家畜数量性状定位中的应用进展第29-31页
     ·GWAS在疝气研究上的应用第31-32页
 3 GWAS之后新兴的遗传学分析手段第32-34页
   ·全基因组深度重测序及大规模功能基因挖掘第32-33页
   ·利用整合系统生物学鉴别重要目的基因第33-34页
 4 本研究的目的、意义第34-36页
   ·本研究的目的第34-35页
   ·本研究的意义第35-36页
第二章 利用全基因组关联分析鉴别猪腹股沟/阴囊疝易感基因第36-69页
 1 前言第36页
 2 材料和方法第36-43页
   ·猪腹股沟/阴囊疝患病家系样品收集第36-40页
     ·表型判定及样品收集的方法第36-38页
     ·样本的来源和数量第38-40页
     ·基因组DNA提取第40页
   ·Illumiina 60K SNP芯片的全基因组基因分型第40-41页
     ·DNA质量检测及其浓度标准化第40-41页
     ·SNP分型的方法第41页
   ·GWAS数据质量控制第41页
   ·基于GWAS数据的群体结构分析方法第41-42页
   ·GWAS统计分析方法第42-43页
     ·基于家系的传递不平衡检测(TDT)分析第42页
     ·半同胞家系的连锁定位分析第42页
     ·病例-对照分析方法第42-43页
   ·腹股沟/阴囊疝易感基因的搜寻第43页
 3 结果第43-61页
   ·GWAS数据的质控结果第43-47页
     ·SNP标记的检出率(call rate)第44页
     ·个体的SNP检出率第44-45页
     ·哈迪-温伯格检验第45页
     ·次等位基因第45页
     ·性别重检验第45-46页
     ·亲缘关系鉴别和家系合并第46页
     ·重复样品检验第46-47页
   ·基于GWAS数据的群体结构分析结果第47-49页
   ·基于核心家系的传递不平衡(TDT)分析结果第49-54页
     ·所有个体的TDT分析结果第49-50页
     ·各亚群的TDT分析结果第50-54页
   ·基于半同胞家系的连锁分析(LA)结果第54-57页
     ·LWY368号大白公猪半同胞家系连锁分析结果第54页
     ·LWY800号公猪半同胞家系连锁分析结果第54页
     ·LWY934号公猪半同胞家系连锁分析结果第54页
     ·三个半同胞家系的合并分析(Meta)结果第54-57页
   ·病例-对照全基因组关联分析结果第57-60页
     ·基于SNP的全基因组关联分析结果第57页
     ·基于单倍型的全基因组关联分析结果第57-60页
   ·位置候选基因搜寻结果第60-61页
 4 分析与讨论第61-67页
   ·影响GWAS数据质量的因素第61-62页
   ·数据质量控制的必要性第62页
   ·不同统计方法的选择第62-64页
   ·腹股沟/阴囊疝易感位点的鉴别第64-67页
     ·腹股沟/阴囊疝新的易感位点及其可能的位置候选基因第64-65页
     ·国际同类研究结果的比较第65-66页
     ·腹股沟/阴囊疝易感位点遗传本质的复杂性第66-67页
   ·后续研究的建议和展望第67页
 5 小结第67-69页
参考文献第69-83页
附1第83-84页
致谢第84-85页

 
 
论文编号BS2101639,这篇论文共85
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