| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略语 | 第10-11页 |
| 1.苏云金芽胞杆菌YBT1520 WGS法项目空洞的拼接 | 第11-46页 |
| ·前言 | 第11-28页 |
| ·Bc群基因组学进展 | 第11-18页 |
| ·苏云金芽胞杆菌是Bc群的主要成员 | 第11-13页 |
| ·NCBI数据库所收集的Bc群的菌株 | 第13-15页 |
| ·Bc群菌株基因组的主要结构特点 | 第15-18页 |
| ·苏云金芽胞杆菌YBT-1520 | 第18-20页 |
| ·WGS法方法简要流程和其中的生物信息学 | 第20-26页 |
| ·WGS法的简要流程 | 第20-21页 |
| ·WGS法较Shotgun法复杂的特点 | 第21-24页 |
| ·组装和拼接中的生物信息学 | 第24-26页 |
| ·苏云金芽胞杆菌菌株YBT-1520测序项目 | 第26-28页 |
| ·构建YBT-1520的PUCl8和BAC文库 | 第27页 |
| ·YBT-1520的测序、组装及拼接 | 第27-28页 |
| ·材料和方法 | 第28-33页 |
| ·末端测序法及使用仪器简介 | 第28-29页 |
| ·序列拼接流程及使用软件 | 第29-31页 |
| ·phred程序 | 第30页 |
| ·phd2fasta | 第30页 |
| ·CrossMatch | 第30-31页 |
| ·Phrap | 第31页 |
| ·Cosend | 第31页 |
| ·基因组组装和拼接的核心算法 | 第31-32页 |
| ·特定引物的设计 | 第32-33页 |
| ·模板的选取及反应流程的控制 | 第33页 |
| ·结果和分析 | 第33-43页 |
| ·正常和特异contig的估计和区分 | 第33-35页 |
| ·不同层次的contig补洞工作 | 第35-38页 |
| ·增大测序量使得总共洞数从2000多降到1421 | 第35页 |
| ·PUC为主要模板拼接使得洞数1421降到403 | 第35页 |
| ·BAC文库对补洞的贡献 | 第35-37页 |
| ·参考序列对补洞的贡献 | 第37-38页 |
| ·高拷贝质粒的高覆盖 | 第38页 |
| ·产生重复序列的主要原因 | 第38-39页 |
| ·模板的使用效率问题 | 第39-40页 |
| ·参考序列的设定和现阶段八个contig的分析 | 第40-43页 |
| ·讨论 | 第43-46页 |
| ·染色体组文库和高拷贝质粒文库分开 | 第43-44页 |
| ·WGS法和克隆逐步测序法的比较 | 第44-45页 |
| ·主要重复序列问题的解决办法 | 第45页 |
| ·参考序列的恰当应用 | 第45-46页 |
| 2:蜡状芽胞杆菌群的进化分类及16S rDNA分子指标分析 | 第46-64页 |
| ·前言 | 第46-51页 |
| ·细菌系统分类鉴定综述 | 第46-48页 |
| ·16S rDNA作为细菌的分类鉴定指标已经被广泛应用 | 第48页 |
| ·Bc群分类的进展 | 第48-51页 |
| ·MME方法 | 第48-49页 |
| ·AFLP方法: | 第49-50页 |
| ·MLST方法 | 第50页 |
| ·CGH方法: | 第50-51页 |
| ·材料和方法 | 第51-53页 |
| ·从NCBI数据库中获取微生物基因组数据 | 第51-52页 |
| ·本地化BLAST方法 | 第52页 |
| ·具体比对的方法 | 第52-53页 |
| ·结果和分析 | 第53-60页 |
| ·Bc群中16S rDNA相似度 | 第53-56页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群中旁系同源基因的相似性 | 第53-54页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群16S rDNA与其它完整基因组测序的菌株的比较 | 第54-55页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群16S rDNA与未完成全基因组菌株的比较 | 第55-56页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群中基因组上RNA操纵元的数量在全体细菌基因组中为最高之一 | 第56-57页 |
| ·Be群中RNAoperon在基因组上的位置信息 | 第57-60页 |
| ·YBT1520基因组16S rDNA分析 | 第60页 |
| ·总结和展望 | 第60-64页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群细菌基因组上的16S rDNA可以做全体的代表 | 第60-61页 |
| ·蜡状芽胞杆菌群中应该属于同一种 | 第61页 |
| ·枯草芽胞杆菌是在亲缘关系上离蜡状芽胞杆菌群最近的菌株 | 第61-62页 |
| ·细菌进化分类方面蛋白指标选取的考虑 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 附1:YBT1520的16S rDNA | 第68-69页 |
| 附2 BC群 菌株蛋白组比对高度相似蛋白个数列表 | 第69页 |
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